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고객사는 지식산업센터 건립 과정에서 취득세 감면 혜택을 적용받아 납부하였으나 이후 대기업과의 임대차계약 체결 등으로 수정신고를 하게 된 상황에서 다른 규정을 근거로 취득세를 경정청구할 수 있는지 여부에 대해 법무법인 민후에 자문을 요청하였습니다.

법무법인 민후는 이미 특정 규정을 적용하여 취득세 감면을 받은 경우 단순히 다른 규정이 더 유리하다는 이유만으로 경정청구를 하는 것은 인정되기 어렵다고 보았습니다. 경정청구가 허용되려면 과세관청의 잘못된 안내 등으로 인해 납세자가 명백한 착오에 빠졌다는 특별한 사정이 있어야 한다고 검토하였습니다.

또한, 산업단지 내 건축물 중 일부 시설이 산업용 건축물에 해당하는지 여부에 대해 지식산업센터와 직접 관련된 시설은 포함될 수 있으나 단순한 수익사업을 위한 시설은 제외될 수 있다는 점을 지적하였습니다. 따라서 지원시설 중에서도 산업적 목적과 직접 관련성이 있는 시설만이 세제 혜택의 대상이 될 수 있다고 설명하였습니다.

아울러, 취득세 감면이 중소기업 임대를 조건으로 한 경우 임대차 체결 당시에는 중소기업이었으나 이후 일정 기간이 지나 대기업으로 전환된 경우까지 곧바로 추징 대상으로 보기는 어렵다고 보았습니다. 즉, 직접 대기업과 임대차계약을 체결하지 않는 한 감면 취지에 반한다고 단정할 수 없다는 입장을 제시하였습니다.

법무법인 민후는 이번 자문을 통해 고객사가 경정청구 가능성과 취득세 감면 요건에 대한 법적 해석을 명확히 이해하고, 향후 불필요한 조세분쟁을 예방할 수 있도록 실질적인 가이드를 제공하였습니다.

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